Phi er klassens fysiknørd og outsider. Heldigvis har hun sin bedste veninde, Lorraine, som vil være med til at kigge på stjerner og diskutere, hvorvidt universet virkelig er uendeligt. 

Ligesom sin far, matematikeren Karl, er Phi helt sikker på, at alting kan forklares med videnskaben, og i sin fritid undersøger hun alt fra strengteori til konform cyklisk kosmologi. Hendes mor, Kate, bor derimod i en trailerpark i USA, hvor der drikkes urtete med bark og laves ritualer, når Merkur går i retrograd. Selvom Phi er skeptisk overfor sin mors livsstil, tager hun imod et sæt orakelkort på et besøg i sommerferien. 

Da Phi kommer hjem fra USA, er Lorraine forsvundet, og hverken hendes plejemor, Nadine, eller de andre i klassen har hørt fra hende. Phi tester orakelkortene, og da hun får nogle syn fra en anden dimension, begynder hun at tvivle på, hvad hun ved. Synene fører hende til drengen Kay, som fortæller, at Lorraine befinder sig i en helt anden dimension. Sammen med Lorraines crush, den populære Adam, må Phi nu begive sig ud for at få Lorraine hjem. Både Lorraines, Adams og Kays fortid viser sig dog at rumme mørke hemmeligheder, og for at Phi kan lykkes med sin mission, må hun indse, at der er rigtig meget, hun ikke ved – og måske aldrig kommer til at vide – om universet. 

Næsten ingenting og et helt univers er en sci-fi-roman, der undersøger grænserne mellem videnskab, spiritualitet og tro. Læseren inviteres til sammen med Phi at være nysgerrig på vores univers og til at se det fra flere perspektiver.